负责机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、信访、会务、机要、保密、档案、安全、后勤、综合考核、新闻宣传、招商引资等工作。组织起草综合性材料、重要文件。组织拟订全市海洋经济、港航口岸和渔业管理政策、法制建设规划，承担法制及行政执法监督相关工作。承担行政复议、行政应诉、普法教育等相关工作。负责党代会代表提案、人大代表建议和政协委员提案办理，领导重要批示件督办工作。负责部门预决算、国有资产管理、政府采购监督管理、绩效评价和内部审计工作，承担机关和所属单位财务工作。负责财政专项资金管理工作。牵头组织系统内重大改革相关工作。负责机关和所属单位干部人事管理、机构编制等工作。承担海洋经济、港航口岸和渔业人才队伍建设。承担离退休干部服务管理等工作。

行政审批科负责“最多跑一次”改革有关工作。承担职务船员和普通船员证书核发、渔船船籍港登记证书办理、渔船捕捞许可证书办理、渔船捕捞许可证年审、渔船检验等行政审批工作。负责制定、完善、实施渔业行政许可、行政确认的相关制度。负责渔船更新改造实施工作。负责推进政务服务增值化改革等有关工作。