牛头山水库管理中心为自收自支正科级事业单位，组建于1985年5月。设中心党委，党委下设机关、水情调度科、渠道服务站、生态环境科和老干部等五个支部；中心党委现有党委书记1名，党委委员2名，党员70人，其中退休党员32人。水库管理中心班子3人，下设有办公室、人事教育科、工程管理科、应急管理科、水情调度科、生态环境科、水文站、渠道服务站等八个科室单位，下属有水利建设发展有限公司。现有事业人员67人（其中外借水务集团5人），企业人员15人，退休人员53人。

牛头山水库管理中心主要工作职能：承担临海城区和大田平原10万亩面积的防洪任务。承担大田平原7.9万亩、椒北平原28万亩农田的灌溉保障任务。承担水库大坝等枢纽工程的日常运行管理任务。承担临海市区、东部沿海及南部等人民群众的集中式饮水保障任务。承担牛头山水库库区范围内的生态环境保护任务。完成市委、市政府交办的其他任务。