为进一步保护好水库水质，维护水体生态平衡，增强水库自净功能。牛头山水库管理中心因地制宜，选配鱼苗和品种。

多年来，牛头山水库管理中心为保护生态水环境，严格管理水库，科学保护水源。从1989年开始，每年都会向水库投放各种滤食性鱼苗（花、白鲢），2021年12月17日至22日在牛头山水库投放花鲢、白鲢、鳊鱼、草鱼、黄尾鲴等共62238斤，共392313尾。鱼类不仅可以通过在水体中的活动达到水体上下层交换的目的，防止底层水体腐败变质，还能直接或间接控制水体中浮游生物量，净化水体，保证水域生态平衡。

通过多年的管理，水库渔业资源逐步增长，品种结构不断优化，水体自净能力增强，对改善水库水域生态环境，保护水生生物多样性产生了很好的效果，取得了明显的生态效益。